Не знаю, актуально ли ещё или нет, но
1. Вам стоит посмотреть в сторону существующих модулей поведения вопросов (question behaiour). Там есть вариант когда вопросы идут по порядку, без возможности к ним возвращаться. Возможно взять один из таких модулей за основу.
2. Javascript необязательно вставлять в тэг body. Скрипт всё-равно обработается. Но Вы, видимо, хотите что-то прицепить к событию onload. В moodle используется библиотека YUI, она позволяет прицеплять обработчкики событий к любым уже существующим объектам страницы - примеров её применения окромное количество в коде мудл.
3. Вам сразу следует обдумать, как обойти "жуликов". Отключение javascript на странице сделает систему не работоспособной. В тестах moodle это решено так - если суммарное время теста превышено более чем на минуту, результат не засчитывается. Вам, вероятно, придётся сделать подобную защиту.