Sí se puede, la manera más sencilla es sobre escribirlos dentro de la carpeta del tema en concreto.
Es decir, abres la carpeta del tema Binarius y dentro creas la carpeta pix_core.
Ahora tienes que abrir la carpeta pix del raíz de moodle y buscar los iconos que quieres cambiar.
Una vez los tengas localizados tienes que replicar la misma estructura dentro de la carpeta pix_core del tema binarius.
Por ejemplo, quieres cambiar el botón edit que está en la carpeta:
/moodle/pix/i/edit.gif
debes poner en tu tema:
/moodle/theme/binarius/pix_core/i/edit.gif
Y así haces con todos los iconos que quieras sobre escribir.
Saludos.