Estimado Héctor
Yo enfrenté ese problema una vez. Lo resolví así...
cargué los ficheros html via ftp en el mismo servidor de moodle (utilicé el directorio uploads)
Luego coloque el main.htm (o el primer archivo que llama a los otros) como recurso copiando la vía de acceso desde internet completa. Conviene seleccionar la opción "abrir el recurso en una ventana nueva".
Al estar todos los otros archivos en el mismo directorio, los hipervínculos originales (los que llamas correctos) siguen funcionando.
Prueba esta sencilla solución y verás que funciona!
Un abrazo desde Mendoza Argentina
José Luis