Ciao Giovanni,
su una versione di Moodle 2.4+ (Build: 20121214) in un corso per argomenti con 10 sezioni ho provato a spostare la sezione 1 in fondo a tutte le altre e poi ho fatto click sull'icona "-" per ridurre il numero di sezioni. Le sezioni si sono ridotte e il loro ordine è rimasto inalterato.
Potrebbe essere utile conoscere esattamente quali passi hai compiuto in modo da effettuare delle prove e verificare se quanto segnali riesco a riprodurlo.