Hola
A la carpeta moodle no hay que subir ningún archivo, los datos de los cursos se almacenan en moodledata y no son accesibles desde un navegador a menos que el usuario esté correctamente identificado en la plataforma. La excepción pueden ser los archivos de portada o los cursos configurados con acceso a invitados (cursos abiertos al público) que pueden visualizarse sin necesidad de estar identificado. En cualquier caso, la plataforma también puede configurarse para que lo único visible sin estar identificado sea la pantalla de login.
Todas esas configuraciones están detalladas en muchos mensajes de los foros, haz una búsqueda antes de plantear cualquier nueva cuestión.
Un saludo