Hola, Mayra,
Si se trata de muchos registros, puede ser que el sistema esté tomando mucho tiempo en procesarlos, y si cruza el tiempo límite te arroja un archivo en blanco o con una sola línea con el error.
Hay un atajo, pero tiene sus asegunes, una de nuestras plataformas de Moodle tiene más de diez mil cuentas, así que exportar a Excel un reporte de usuarios, calificaciones, o algo así toma mucho más tiempo. Lo que hicimos fue en el archivo .php que tiene la rutina de exportación que quieres ejecutar pusimos la línea: set_time_limit(0);
Pero cuidado hay que ponerla con precisión... además, puedes correr el riesgo de que el sistema se quede trabado, porque time limit es un seguro para desactivar una rutina que se ha quedado trabada y que exhede x tiempo. puedes hacer pruebas de tiempo también cambiando el 0 por x cantidad de segundos.