Hola,
Para esa cantidad de usuarios muy probablemente les convenga consultar con un Moodle partner. Suelen cobrar caro pero (generalmente) tienen experiencia. Hay de todo, por lo que te recomiendo leer los foros y buscar recomendaciones y quejas de los candidatos a elegir antes de elegir un Moodle partner.
Definitivamente la optimización de la base de datos será una tarea importante y generalmente la realiza un ingeniero en sistemas con experiencia en bases de datos grandes.