コメントいただきありがとうございます。
振り仮名は、言語パックの文字列にrubyタグを使って入れることが可能であることは確認しています。ただ、レイアウト（文字列の高さ）が若干変わる問題があるのと、ボタンなどはrubyが設定できない点、rubyタグを使っても、表示箇所によっては漢字の上でなくカッコ書きで表示される（文字列が長くなる）場合がある点などの問題を確認しています。
またこれをサイト管理のスイッチで対応するのはたぶん厳しいかと考えています。ソースプログラムの変更が必要になるからです。 もしするとすると、小学生向けの言語パックを、振り仮名ありとなしの２種類にすることかと思いますが... 単に漢字の読みだけでなく、外来語などをどこまで用いるかは結構悩みどころです。たとえば、「マイコース」「トピック」「フォーラム」という言葉も大人であれば無理して日本語で表現するよりもいい気がしますが、子どもにとってはどうなんだろ...とか。
良い案がありましたらまたコメントいただけると助かります。
なお、Moodleとは直接関係ありませんが、単にWebページ上の漢字を自動的にすべて振り仮名をつけてくれる以下のようなサイトがあります。
ほかにもブラウザの拡張機能やページにJavaScriptを埋め込むなども考えられるかもしれません。 となると、言語パックで振り仮名を入れるのとどちらがいいのかな...とか。