Hola Andrés,
Yo pienso que debieras crear una serie de archivos en la carpeta "layout" de tu nuevo tema:
frontpage.php -> para usarse en la página principal con el logo grande
course.php -> para usarse en las páginas de los cursos si es que no se usará el logo grande
general.php -> para usarse en el resto de las páginas (Ej. foros, etc.), si es que no se usará el logo grande
Luego de ello, modifica el "config.php" del tema, con algo como:
// The site home page.
'frontpage' => array(
'file' => 'frontpage.php',
'regions' => array('side-pre', 'side-post'),
'defaultregion' => 'side-post',
'options' => array('langmenu'=>true, 'nonavbar'=>true),
),
// Main course page
'course' => array(
'file' => 'course.php',
'regions' => array('side-pre', 'side-post'),
'defaultregion' => 'side-post',
'options' => array('langmenu'=>true),
),
Si deseas usar el logo grande en páginas como My Moodle, los perfiles y demás, entonces, debieras crear un nuevo archivo, digamos "incourse.php" y colocarlo en el "config.php" del curso como sigue:
// part of course, typical for modules
'incourse' => array(
'file' => 'incourse.php',
'regions' => array('side-pre', 'side-post'),
'defaultregion' => 'side-post',
),
Para mayores detalles, consulta el "config.php" del tema "base".
Finalmente, lo del "header.html", "footer.html" y demás, son cosas que aplican a las versiones previas a la 2+ (osea, olvídate de ellas).
Saludos
PD: Sobre las CSS - ubica la DIV o ID en cuestión y asóciala con la ID propia del "body" de la portada de los cursos (id="page-course-view-topics"), de manera que te quede algo como: #page-course-view-topics .div-que-he-ubicado Coloca esto en alguna CSS del tema en uso.
