Ciao Domenico,
nella documentazione trovi una guida che può esserti di aiuto: http://docs.moodle.org/23/en/Installing_a_new_theme
Problemi comuni che si incontrano con i temi sono la struttura dei folder (ad esempio il caricamento di un folder che contiene a sua volta il folder con i file del tema) oppure l'utilizzo di temi per Moodle 1.9.