это тоже не новая проблема и на форуме встречается неоднократно. главное это вовремя сделать резервную копию moodle. А вообще копируете все файлы из moodle следующей версии и заменяете файлы текущей версии. Заходите на сайт. По завершении операции обновления повторяете операцию. И так до тех пор, пока не доберетесь до желаемой версии.