Hola Marian,
¿Sabéis que inconvenientes me podría acarrear esta configuración?
En realidad ninguna.
Moodle está diseñado para que los recursos de JavaScript y AJAX sean "no intrusivos".
Esto es, que den más funcionalidades, pero que no quiten posibilidades de trabajo.
Por ejemplo, en un curso no podrás mover un recurso o actividad arrastrándolo al lugar que desees, pero esto no significa que no podrás cambiarlo de lugar.
Claro que podrás, sólo que en un proceso menos rápido: presionando las flechas de arriba-abajo y dando clic en la casilla de destino.
Por otro lado, es raro que tengas este tipo de problemas.
¿Has probado con otros navegadores y equipos?
Quizá alguna configuración muy específica del lugar en donde trabajas normalmente esté inhibiendo las funcionalidades de JS/Ajax.
También pudiera ser que el tema en uso tenga por ahí algunos errores.
¿Te pasa lo mismo con el tema "standard" de Moodle?
Saludos