Em contesto a mi mateix, doncs he continuat fent proves:
He tornat a fer el backup dientli-que no volia fitxers de cap classe. El resultat ha estat el mateix. Encara que li diguis no, ell segueix agafant els fitxers necessaris, i continua parant-se al mateix punt. He anat a la carpeta corresponent de moodledatai he suprimit els fitxers del tema 6 copiant-los a un altre lloc. Te tornat a fer el backup, aquest cop sense problemes.
He restaurat la còpia de seguretat a un curs nou. Funciona, però li falten els fitxers del tema 6. Els he comprimit amb .rar i els he copiat a la corresponent carpeta de moodledata. El problema es que el moodle no descomprimeix .rar. Ho he repetit amb .zip i em trobo que es para al descomprimir (igual que quan feia la còpia de seguretat). He aconseguit aïllar el fitxer que em crea el problema. Es un fitxer zip de 90MB que conté un directori amb 4296 fitxers .dxf (Autocad, el curs precisament tracta d'aixó: "Autocad 3D avençat") que ocupen 872MB. Aquest fitxer està correcte. L'he descomprimit amb el winrar sense problemes, l'he tornat a comprimir a .zip amb el 7zip, però igualment dona el problema.
Esborrant aquet fitxer en el directori del curs en el moodledata he aconseguit una còpia de seguretat quasi complerta, a falta del fitxer esmentat, que en el moodle1.9 es fàcil de col·locar, però en el 2.x no ho veig tan clar.
Perquè passa això? Hi ha alguna limitació en el nombre de fitxers inclosos en un .zip? Si algú te la resposta li agraïria, dons tinc que preparar 3 cursos més amb un volum similar.