Тут всё очень просто.
Когорты существют на уровне сайта. В каждой из них содержится список студеднтов одной академической группы.
Группы существуют внутри курсов. В каждом курсе нужно создать группы, которые этот курс изучают, и импортировать в них студентов из соответствующих когорт. Вот и всё.
В дальнейшем Moodle поддерживает синхронизацию когорт с группами. Если вы добавили/удалили студента в когорту, он добавится/удалится во все курсы, куда импортировали студентов из этой когорты.
Если нужно, внутри курса можно созадать еще и потоки. В каждый из них можно включить одну или несколько групп. Деятельности и ресурсы круса можно сделать доступными либо всем студентам, либо только одному избранному потоку.