Ciao
la procedura corretta di aggiornamento dalla 1.9.x alla 2.x è descritta qui:
http://docs.moodle.org/23/en/Upgrading
Inoltre ad oggi è consigliabile aggiornare alla 2.3, non alla 2.0 che tra poco andrà fuori supporto.
Riguardo al Template, i Template come tutti i plugin di terze parti realizzati per Moodle 1.9 non funzionano su Moodle 2.x.
Quindi nell'aggiornamento dovrai sceglierne uno di quelli contenuti nella distribuzione oppure installarne uno nuovo compatibile Moodle 2.x.
L'aggiornamento è intelligente per quanto riguarda plugin e template non compatibili: se li trova, te li segnala e li disattiva.
Lorenzo