Hola Consuelo,
Sí es correcto esto que mencionas de la operación de los cuestionarios (si hay algo contestado no se pueden modificar las preguntas independientemente de la versión).
Lo de la migración...
Vas a tener que revisar un buen, tanto en la documentación como en los foros.
Vas a tener que cambiar el cotejamiento de la base de datos, vas a tener que cambiar las versiones de PHP y MySQL o el motor que uses.
En fin, tal vez te conviniera incluso contratar ayuda especializada, o de plano, mejor migra ya que te sientas realmente segura y hayas hecho las pruebas suficientes en escenarios idénticos a los de producción.
Las "Notificaciones" debieran ser la primera opción del bloque "Administración del sitio".
Aunque tal vez en la 1.6 se llamaban de otra manera.
Pero yo creo que la dirección es la misma, esto es, algo como:
http://www.misitio.com/moodle/admin
Lo importante está señalado con negrilla.
Saludos