Hola Ignacia,
En realidad no sabría qué sugerirte.
En lo personal pienso que el sistema Wiki actual es útil más bien para proyectos cortos, muy específicos y en donde la orientación del tutor sea, igualmente, muy específica y clara.
También considero que el módulo de Moodle es una especie de "interpretación propia" de la tecnología y no coincide mucho con la noción de Wiki que muchos tenemos, sobre todo si tenemos en mente a la Wikipedia.
Y bueno, también creo que el Wiki de la 1.9 era mejor, aunque ahorita no me acuerdo de las particularidades que preguntas.
Vas a tener que experimentar un poco a fin de averiguar para qué sirve cada cosa.
Pero si tu proyecto es de cierta importancia y realmente se requiere de todas las funcionalidades de un Wiki, mi opinión es que mejor instales MediaWiki y trabajes ahí.
En Moodle simplemente abrirías una tarea fuera de línea y así calificarías (de hecho aunque usaras el Wiki de Moodle tendrías que hacer esto si deseas llevar el registro correspondiente).
No obstante, hay otras opciones.
Si instalas el módulo Libro (Book) para la 1.9 y a los alumnos les das privilegios en dicha actividad como profesores, quizá logres algo como el Wiki, aunque creo que sin el control de cambios.
En la versión 2 de Moodle hay una modalidad de "printer friendly" para el Wiki.
Esta modalidad la tiene el módulo Libro, pero no me acuerdo si el Wiki de la 1.9 la tiene.
El detalle es que en la versión 2 hay fallas con las imágenes y no se pueden imprimir (al menos yo no puedo y he visto reportes de que varias personas tampoco).
La ventaja del Libro es que, como su nombre lo dice, construyes un documento bien estructurado, con páginas ordenadas secuencialmente y con un menú orientativo.
También la ventaja es que dicho módulo se incorporará oficialmente a Moodle en la versión 2.3, próxima a ser liberada.
Cuando así se decida, vas a tener algunos problemas de migración de la 1.9 a la 2.3 (debes pasar por la 2, 2.1, 2.2, que no reconocen oficialmente el módulo), pero creo que si haces algunas pruebas, encontrarás el camino adecuado.
Como te comento, no puedo decirte mucho acerca qué hacer, pero espero que lo anterior te sirva de algo.
Saludos