Hola.
Como todo software moodle tiene varias versiones, lo que pasa es que actualmente exiet una migracion de los usuarios de la version 1.9.x a la nueva y reluciente version 2.x.
En lo que respecta a versiones obviamente la mas nueva siempre es la mejor y la que incluye lo ultimo desarrollado y arreglos de errores y problemas.
Si deseas ver las versiones de moodle http://download.moodle.org/ hay encuentras las ultimas versiones de moodle incluso la de desarrollo para probarla.
Por ultimo la recomendacion es que si vas a instalar un moodle pruebes la ultima version estable, ya que la version 1.9.x pronto se quedara sin actualizaciones por lo tanto se dejara de desarrollar para seguir la version 2.x