кроме БББ есть еще ОпенМеетингс, существенно отличается.
С Джавой для трансляции рабочего стола, скорее всего, Вы имеет ввиду проблему на стороне клиентской машины ведущего вебинара, а не сервера БББ? - что БББ, что ОМ трансляцию стола (ОМ и запись трансляции тоже) реализуют через скаичваемый и запускаемый апплет Джавы, который в настоящее время блокируется Хромом. Т.е. в ФФ работает и только. ОМ к этому относится либеральнее - из любого браузера скачивается файлик, запускаемый клиентской операционной системой и вызывающий исполнение Джавой. Эта Джава требует регулярного обновления - Ось (зависит от ее характера) может самостийно пытаться блокировать Джаву.
Джава-апплет запускается только на машине ведущего, у смотрящих все отображается и без апплета.
Поставить свой что БББ, что ОМ задача посильная, пробуйте. Если все это дело организуете на одном железном сервере, просто используйте виртуализацию, например OpenViz - проверенное рабочее решение.