Le iscrizioni di categoria ti permettono di assegnare ruoli nel contesto della categoria, ad esempio un Creatore di corsi. Non ha relazione con la visibilità della categoria stessa. http://docs.moodle.org/22/en/Category_enrolments.
Il plugin di iscrizione "sincronizzazione gruppi globali" in sintesi svolge il compito che hai descritto. http://docs.moodle.org/22/en/Cohort_sync
Per l'ultimo punto, dipende come iscirvi gli utenti ai corsi. Ad esempio lo user upload te lo permette: http://docs.moodle.org/22/en/Cohorts#Uploading_users_to_a_cohort
Naturalmente il discorso visibilità del catalogo corsi è una cosa diversa, potresti però tentare ad approfondire il discorso MyMoodle: http://docs.moodle.org/22/en/My_Moodle