Forse gli utenti che non riescono ad autenticarsi usano un plugin di autenticazione non attivo. Prova a controllare il plugin di autenticazione utilizzato da un utente che non riesce ad entrare e poi confrontalo il plugin di un utente creato ex-novo che invece riesce ad autenticarsi. Puoi controllare il plugin in uso modificando il profilo degli utenti, voce "metodo di autenticazione".
Se i due plugin sono diversi, puoi provare a modificare il metodo di autenticazione in accordo a quello funzionante, o riattivare l'altro.