Я писал специальный патч, чтобы подкатегориями можно было управлять на странице категорий, тогда не нужно грузить административное дерево. В moodle 2.6 обещают новый редактор категорий, без тормозов на большом числе категорий и курсов, но он пока в стадии беты.