Hola. recuerda mencionar la version de moodle que usas.
Moodle esta a la vanguardia en este tema, la ultima version de moodle 2.1 en adelante tienen por defecto la opcion de instalar un tema para el mobil, osea el core de moodle detecta de manera automatica el dispositivo con el cual el usuario esta accediendo.
Te recomiendo que veas entonces los temas disponibles para mobil para moodle, ademas recuerda que moodle tambien tiene aplicacion official para IOS y android de esta manera lkos usuarios de tu moodle podrian acceder mas facilmente.
Otra recomendacion conrespecto a los dispocitivos IOS es que no tienen soporte nativo para flash, por lo tanto te recomiendo que todo contenido multimedia que pongas utilices reproductores en html5 de esta manera los IOS's podran reproducir los videos, audios y demas contenido multimedia.
Por ultimo recuerda que muchas de la cosas que usas dentro de moodle se verian en una pantalla de 3.5" y 10" por lo que te recomiendo que lo tengas presente, lo ideal es que al disenar el tema (o al modificar el estandar) se creen estilo propios para mobiles y otros para computadoras de esta manera el tema modifica el tamano de las imagenes, frames y demas.
Liks:
Temas de moodle: http://moodle.org/plugins/browse.php?list=category&id=3
Mooble ios app: http://itunes.apple.com/app/my-moodle/id461289000
Documentacion:
Ios app: http://docs.moodle.org/22/en/Mobile_app
moodle for mobiles: http://docs.moodle.org/22/en/Moodle_for_mobile
FAQ's de moodle para mobiles: http://docs.moodle.org/22/en/Mobile_Moodle_FAQ
Espero la info sea de tu ayuda saludos 