Viva Mariana,
em relação às suas dúvidas:
As pessoas responsáveis pelo desenvolvimento da plataforma têm se esforçado para que o Moodle siga o bom princípio de separar o conteúdo do aspecto gráfico, através do uso de CSS.
Tanto as cores, que podem ter qualquer valor RGB, como os tipos de letra podem ser definidos nas CSS. Estas encontram-se localizadas dentro da pasta theme que está na sua instalação do Moodle. Dentro de cada pasta tem um estilo definido.
Existem ai dentro 4 ficheiros principais:
config.php- contem as cores principais as serem utilizadas no moodle;
styles.php- que contem a definição das CSS;
header.html - que contem o cabeçalho da página;
footer.html - que contém o rodapé da página;
Em relação ao padrão 3 colunas, este é fixo, podendo, no entanto, mover as caixas de uma ponta para a outra e alterar a ordem em que aparecem.
Bom moodlingue,
Marco Cardoso