Ciao Gill,
devi chiedere all'amministratore della macchina di controllare meglio: su quella macchina si utilizza ConfigServer eXploit Scanner ed è stato legato a Suhosin (suhosin.upload.verification_script = /etc/cxs/cxscgi.sh) affinché ogni file uploadato via PHP passi attraverso quello scanner.
Per qualche ragione lo scanner decide che il file uplodato non è valido (non ritorna 1) e PHP ti da quello "strano errore". Nota: nella tua configurazione di Suhosin (praticamente quella predefinita) non ti è concesso uplodare "comandi" Unix ma sono certo che non ti sarà mai necessario farlo .
Potresti anche creare un file .htaccess nella root di Moodle con scritto:
php_value suhosin.upload.verification_script
e ricaricare il PHP info per vedere se la colonna Local value per quel parametro è vuota e quindi riprovare l'upload.
Matteo