Olá André,
Se é melhor por plugins ou direto no código, depende do tipo de customização que quer fazer.
Não vejo os plugins como uma customização própriamente dita, vejo mais como uma melhoria ou uma implementação de novos recursos.
Existem plugins para diferentes partes do Moodle, dependendo o que procura. Se quiser um novo editor de texto, por exemplo, procure um pluginpara isso, se quiser um novo tipo de Bloco para adicionar nos cursos ou na home, há uma categoria de plugins para Blocos. Existem plugins para cursos, recursos, integração com outras plataformas (wordpress, joomla, magento etc), tem plugins que adicionam umsimples botão e outros que mudam muitas coisas dentro do moodle.
Já a customização por código, é possível mudar cor, fonte, formato, estilos. Com a dedicação certa e um bom conhecimento em PHP, HTML e CSS, é possível mudar tanto o moodle para que ele pareça um site totalmetne diferente. Veja o caso do Moodle Academy (é possível "comprar" gratuitamente -hehe- um curso explicando o que é o moodle, com isso dá pra ver que o Moodle deles é altamente customizado e só é possível fazer isso via código - e, quem sabe, alguns plugins também).
Então, dependendo do tipo de customização, é melhor de um jeito ou de outro.
Falou, abraços.
