¡Hola!
Hmmmm, algo extraña tu inquietud. Puedes optar por crear Un grupo por Cada Estudiante, configuras el curso por grupos separados (lo fuerzas mediante la casilla de verificación para que las actividades por defecto se configuren así) y con eso no deberían verse, ni cruzarse.
Ahora bien, y llegado el caso de que necesites que algún recurso y/o actividad esté sólo disponible para Un estudiante en particular, lo mejor es crear un agrupamiento con el grupo al cual pertenece el estudiante y, en la configuración del recurso/actividad le tildas la opción disponible sólo para los miembros del agrupamiento X (entonces solo el y nadie mas que el lo verá).
Sin embargo, y disculpa la disrrupción, lo mejor que tiene Moodle es permitir la colaboración entre pares. De allí que me parece que estaría bueno que diseñaras algún tipo de actividad integradora final que permita que intercambien, se den cuenta que no estaban solos...aunque simplemente fuera un foro de apreciaciones finales, disponible para todos los grupos (en una mega-agrupación que incluya todos los grupos de un estudiante).
Y disculpa la pregunta pero me intriga saber porqué necesitas este tipo de funcionamiento. ¿Qué experiencia estás desarrollando?
Suerte, cuentanos cómo va