Free Dean's Office проверяет права доступа в контексте главной странице. То есть, роли учителя и ученика, которые назначаются в категориях или в курсах на Электронный Деканат никакого влияния не оказывают. Администраторы получают доступ, потому что их роль назначена в системном контексте, который наследуется главной страницей.
Для остальных пользователей используйте служебные роли "Авторизованный пользователь", чтобы дать доступ к ЭД пользователям, авторизованным на сайте и "Гость", чтобы дать доступ остальным пользователям.
Внутри Электронного Деканата полномочия распределяются путём назначения мандатов: на данный момент это происходит при назначении должностей сотрудникам. В будущем будет происходить при заключении договора на обучение (для ученика и его родителей) и при подписке учеников на программу (сейчас они получают некоторый стандартный набор прав ученика или родителя, связанный с доступом к дневнику, зачетке и личному расписанию).