Vaya pregunta mas rara, ke kieres incrustrar el moodle en una aplicacion echa en Flash??
Si es eso yo me plantearia mas bien adaptar un moodle a ese aspecto ya que flash tiene los dias contados y va a ser trabajo doble. Lo unico que se me ocurre es usar web services.
Flash is Dead (por fin xD, ya solo keda porque muera IE 6 y me puedo morir tranquilo)