Настраивал moodle 1.9 на nginx с fastcgi. Возникали ошибки с файлами в html-учебниках, связанные с настройкой "Use slash arguments". Не открывались ссылки вида 
Не уверен, что актуально для moodle 2.x, но на всякий случай проверьте и в этом направлении.