Hola Carlos,
1) Quería confirmar si se activan desde: Administracción del sitio --> Características avanzadas
Sí correcto, y como dices, del lado derecho procedería habilitar la opción "Habilitar estadísticas"
Lo otro que habrás leído aplica, si la memoria no me falla, a Moodle 1.9+ o versiones anteriores.
2) una vez habilitadas, ¿desde dónde se configuran los parámetros?
Una vez habilitadas, debes ingresar a:
Administración del sitio -> Servidor -> Estadísticas
(esta opción no aparece si no las has habilitado primero)
3) hay alguna documentación que explique las implicaciones de los valores en esos parámetros
Pues creo que esto es lo único que hay. No es mucho...
Pero intentemos dar algunas ideas:
a) Intervalo máximo de procesamiento
Depende del sitio (tamaño, usuarios, etc.) y de tu necesidad de datos.
Sugiero que para empezar le pongas un valor relativamente pequeño (un máximo de un mes, aunque yo uso generalmente 15 días).
b) Tiempo de ejecución máximo
Igual depende del sitio, pero considera que el tiempo que elijas el servidor será lentísimo (o tenderá a serlo).
Yo como soy medio desvelado (y conozco bastantes usuarios así), luego estoy todavía trabajando a las 2am
Entonces aquí le pongo un máximo de 3 horas y en la opción "Ejecutar en" le pongo que inicie a las 3am.
De tal suerte que las estadísticas se procesan desde esta hora y hasta las 6am.
Dependiendo de lo que te reporten, quizá debas dejar sólo dos horas de trabajo y/o cambiar la hora de inicio.
c) Días para procesar.
Aquí me parece bien dejar el valor que trae Moodle (sin importar lo que selecciones en otras opciones). Esto es, 31 días me parece bien.
d) Ejecutar en.
Ver inciso b)
e) Usar umbral
Al gusto.
Pero si acostumbras tener por ejemplo un curso de pruebas contigo como profesor y un par de cuentas de alumnos (también de pruebas), quizá convenga colocar que el umbral sea de 4.
Osea que no se generarán estadísticas para los cursos con menos de 4 alumnos.
Pero si en tu plataforma hay cursos con un usuario (Ej. sólo el profesor que lo perpara) y requieres esos datos, pues déjale el valor de cero que se asigna por "default".
NOTA: Estos comentarios complementan la lectura de las explicaciones asociadas a cada opción de la página de configuración de estadísticas. Osea que hay que leerlas primero 
Saludos
