Судя по полосам прокрутки, которые находятся в самой презентации, Вы неверно выбрали размер презентации при конвертировании её в iSpring. Если бы это было связано с Moodle, то полосы прокрутки были бы такие же, как и в браузере - стиль, цвет и т. д.
Вот пример "правильной" презентации (ресурс - ссылка на файл .swf):
Никаких полос нет, Moodle пропорционально уменьшила окно презентации согласно настроек своего мультимедиа фильтра.
UPDATE
Чем больше присматриваюсь, тем больше мне кажется, что это оформление Вашего браузера в таком темном стиле. Тогда я не прав, и это действительно полосы прокрутки браузера.
Каким образом вставляете .swf-файл?
При использовании iSpring можно создавать html-файл, потом его, swf и java-скрипт грузите на сервер в свой курс и создаете ресурс "Ссылка на файл или веб-страницу", в кот. указываете html-файл. Работает прекрасно.