Los ficheros subidos a Moodle (en un curso, en una actividad, en un recurso, etc.) acaban guardándose en el directorio 'filedir' dentro del directorio $CFG->dataroot. Hay ahí una serie de subdirectorios (en dos niveles de profundidad) y los ficheros están repartidos en dichos subdirectorios.
Los nombres de los subdirectorios no guardan ninguna relación con los id de los cursos o de los recursos o actividades (como ocurría en 1.x). Para cada fichero que se sube se calcula un hash (actualmente un hash SHA1) del contenido del fichero y ese hash pasa a ser su nombre en el disco. Se usan los 4 primeros caracteres (2 para el primer nivel de subidrectorios +2 para el segundo nivel) del hash para determinar en qué subdirectorio se guarda. Por ejemplo, si el hash de un fichero es b097c978d9f651d5df3bba537964d0d3120e743a (el hash de un fichero PNG que he subido a mi plataforma), el fichero se guardará en el directorio 'filedir/b0/97/b097c978d9f651d5df3bba537964d0d3120e743a'.
Además de eso, hay varias tablas en la base de datos que relacionan el nombre del hash con el nombre real del fichero, de qué tipo es, en que curso/activdad/recurso se está usando, cual es su procedencia (fichero subido, fichero personal, de un repositorio de google docs, etc.)
Como dice el fichero 'warning.txt' que hay en el directorio 'filedir', no se debe manipular el contenido de dicho subdirectorio directamente (aunque se pueda acceder a él via ftp o por otros medios). Y yo diría que es un buen consejo, a menos que uno sepa todas las tablas donde se apunta a dicho fichero y actualice la información correctamente. Entre otras cosas, porque si se modifica el contenido del fichero, el hash del mismo cambia. Con lo cual su nombre de fichero debe cambiar. Y si cambian los cuatro primeros caracteres, hay que moverlo de directorio. Y después reajustar todas las tablas desde donde se le referenciaba. Vamos, un trabajo muy serio.
Es mucho más sencillo (y seguro) re-subir los contenidos o usar uno cualquiera de los plugins de repositorio existentes (que permiten actualizar los contenidos desde repositorios externos quasi-automáticamente).
Pero bueno, si no queda más remedio o uno tiene ganas de experimentar, en ese directrio están los ficheros
Saludos.
Iñaki.