Saludos Juan
Creo que ya no hay mucho por hacer, si ya tienes 7500 personas sera dificil limpiar y depurar, desde el inicio se debe tener el control total toma muchisimo mas tiempo pero eso justamente se controla
En mi caso la matriculacion es cerrada solo 5 administradores podemos dar de alta, cada maestro proporciona su lista de alumnos y al momento de subirla si el correo se repite se verifica porque este el el elemento pilar que jamas se repite
Normalmente cuando se repiete es por una de estas causas
1.-Dos alumnos quieren usar el mismo correo en moodle (esto no tiene sentido ya que a cada alumno le deberia llegar su propia informacion y mensajes del profesor)
2.-Los profesores en su misma lista de 50personas no tienen el cuidado de no repetir persona (Suena raro pero pasa y mucho)
Ahora bien nunca falta el alumno que pierde su correo o clave y lo que se hace es que por medio del profesor este solicita el ajuste del correo y en caso de perdida de la clave el mismo alumno la puede cambiar
Claro este organizacion toma mucho tiempo por ser tan meticulosa pero funciona tengo mas de 8mil usuarios y no se repite ninguno