Попробовал сменить тему на moodle 2.1.1 - там действительно только одна кнопка select, однако темы нормальным образом меняются, как это было и в версии 1.9.Х
Заодно проверил и возможность восстановления курсов из бэкапа, созданного moodle 1.9.7 - курсы (метакурсы) нормально восстановились в moodle 2.1.1, хотя вот перенести так пользователей не удаётся (впрочем об этом написано в примечаниях к версии 2.1.1), то есть нужно ещё подождать.... или уж сразу к 1 сентября ставить moodle 2.1.1 и объявлять тотальную саморегистрацию?