こういった話題があったのに気づかなかったので、ずいぶんと遅い反応ですが、今年度の初めに、四日市大学も Moodle を 2.1 に大幅な upgrade をしました。その際に、昔のテーマに似せたものを作るのにちょっと苦労しました。
「テーマ設定」の中の「デザイナーモード」にするにチェックを入れないと、テーマの変更が反映さるまでに時間がかかります。キャッシュの問題だと思います。あとは、テーマフォルダ内の lang/en/theme_??.php の ??部分を新たなテーマ名に変更しないといけないことと、言語設定の中(moodledata/lang/ja/など)にtheme_(テーマ名).php を作っておくとよかったと思います。