いま教えて頂いたwww.tinymce.comのページで試してみたのですが，ブロックごと消えてしまう問題も，勝手に改行されてしまう問題も発生しませんでした．ちなみに勝手に改行されてしまう問題については福島さんの再現方法を試したつもりですが，何らかの勘違いがあって再現できていないのかも知れません．
いや，再現しました．なるほど勝手に改行されますね．ただ，上記TinyMCE3.4.7＋IE８（WindowsXP/x64)で再現するには，エディタをまっさらな状態にして第一行目の書き出しでのみ発生しました．「ぶらうざーは」（変換）「IEです」，このIを入力した瞬間に次の段落にカーソルが飛びますね．これはまっさらな状態でまず改行を入力した後で行えば発生しませんし，１行以上を入力済みの状態でカーソルを文頭に移動して第一行目に入力しても発生しません．つまり私の環境では完全にまっさらな状態での最初の一段落目の入力時のみの再現です．
WordPressなどでもTinyMCEを利用しているようですので問題提起はそれなりにされているのでしょう．さて，他の環境の方々は如何でしょう？