А. Переходить на Moodle 2.0. Там всё сделано для решения этой проблемы - рисунки относящиеся к конкретному вопросу хранятся в контексте самого вопроса.
Б. Переходить на TinyMCE и в PHP вручную отключать поле для выбора картинки. Тогда во всех новых вопросах нужно будет выбирать картинку для вставки через файловый менеджер tinyMCE, может быть будет удобнее, если у Вас там всё структурированно. Возможно и в стандартном редакторе moodle 1.9 можно удобно включать рисунки, было давно, не помню.
В. Создать специальный пустой курс в той категории, где будут вопросы. Дать доступ к этому курсу ВСЕМ. Создавать вопросы в нём, в нём же располагать рисунки. После этого переносить их в контекст категории. Если доступ к курсу будет у всех, они смогут увидеть картинки и тестируюся из других курсов. Когда в нём накопится до неудобного много картинок, создать ещё один такой курс и т.д.
Г. Использовать для представления формул фильтр TeX. Формулы в этом случае будут находится в тексте вопроса и преобразовываться в рисунки автоматически. При этом качество этих рисунков будет не хуже, чем c любым из конвертеров рисунков. Я, честно сказать, ни одного не видел конвертера рисунков из Ворда, который сопоставимое качество давал.
Д. Рисунки можно непосредственно внедрять в текст вопроса, пользуясь представлением RFC 2397. Тогда рисунок будет храниться и перемещаться вместе с вопросом. Но для этого потребуется расширять вручную поля базы данных и конвертировать рисунки особым образом.