Hola cristian....
Mira existe un libro que esta por la red y te puedes descargar que te enseña como modificar y crear una plantilla desde cero el único inconveniente esta en ingles.....
Packtpub.Moodle.1.9.Theme.Design.Beginners.Guide
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tambien puedes utilizar una herramienta de firefox ;
: firebug que te permite ver la estructura de la pagina web
en IE pulsa F12 hace lo mismo que esta herrramienta.......
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de todas formas te explico
en la versión 1.9.X
en cualquier theme tienes tres archivos basicos
header.html, footer.html, config.php
investiga por aqui estos documentos...........
no se si te ayudará para lo que quieres pero espero que te sirva