Hola Sebastian,
Primero la advertencia general:
NUNCA BORRES USUARIOS DESDE LA BASE DE DATOS.
¿Por qué?
Moodle no borra los usuarios, sino los desactiva (es lo que refieres en tu mensaje), por al menos dos razones:
1) Porque hay contenido vinculado a los usuarios que debe utilizarse aún y cuando éstos ya no empleen la plataforma.
El ejemplo más claro es el de los foros (se pueden ver los mensajes de personas que han sido dadas de baja), pero hay otros como las calificaciones.
2) En ciertos escenarios de trabajo (sobre todo de instituciones educativas formales), la ley te obliga a mantener los registros de los alumnos por varios años (creo haber leido una discusión en que se hablaba de un plazo de 10 años).
Entonces si borraras los datos definitivamente, podría haber problemas por este lado.
No sé si la segunda razón haya sido considerada cuando se diseñó Moodle (la primera seguro que sí), pero el hecho de que los usuarios sólo se desactiven ha beneficiado a las personas en este sentido.
Saludos