Olá,
Aqui usamos o Captivate para criar conteúdo em Flash para o Moodle.
Eu costumo editar o HTML gerado pelo Captivate, excluindo todas as referências a javascript.
Deixo assim o código que coloco no editor HTML do Livro:
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0" width="653" height="521" ID="Captivate1">
<param name="movie" value="arquivoflash_skin.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="loop" value="0">
<embed src="arquivoflash_skin.swf" width="653" height="521" loop="0" quality="high" pluginspage="http://www.adobe.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" menu="false"></embed>
</object>
A tag <embed> é necessária para o Firefox.
É muito importante que arrumes o caminho dos arquivos swf. Coloca eles no local apropriado e copia (pode ser com o botão direito do mouse) o caminho dentro do Moodle.
Assim deve funcionar: /file.php/10/pasta1/pasta2/arquivoflash.swf.
O número 10 será substituído pelo número da pasta do curso que estás editando. pasta1 e pasta2 estão ali para efeito de exemplo.