Es wäre hilfreich, wenn du beschreiben würdest, wie genau du das Video eingebunden hast. Die vielen Möglichkeiten werden here http://docs.moodle.org/en/Multimedia_plugins beschrieben.
Ebenfalls nützlich ist die genau Version von Moodle. Vielleicht ist es nur eine Einstellung. Generell ist es als lästig empfunden, wenn das Video ohne Aufforderung beginnt zu laufen.