Hola Abril,
Lo que deseas es totalmente factible.
Bueno técnicamente hablando es factible, operativamente, quién sabe.
Es decir, si tu infraestructura no es "suficiente" y tu demanda de video es excesiva, puede que todo te salga mal (Ej. caída de la red o del servidor).
Pero suponiendo que eso no pase, necesitarías una tecnología como estas si deseas usar el formato FLV (algo muy común en estos días): http://sourceforge.net/directory/os:windows/?q=flv%20player
(en los posts previos se mencionan otras tecnologías)
Personalmente creo que valdría la pena probar JarisFLVPlayer, software desarrollado por una empresa puertorriqueña (aplicación muy personalizable sin necesidad de compilar el reproductor).
Si los videos los subieras directamente a Moodle, éstos se reproducirían con FlowPlayer (al respecto ver también los posts previos).
Esta herramienta es muy popular (y también muy buena), aunque en lo personal creo que son demasiado "quisquillosos" en la cuestión de si puedes o no quitar su logo o bajo qué condiciones (límites a la personalización).
No obstante, respeto totalmente sus ideas.
En otras palabras, al listado incluido inicialmente debieras agregar esta última herramienta.
Bien, usando una de estas tecnologías u otras similares, lo que restaría sería crear un archivo HTML que llamara al reproductor, que a su vez llamaría al video (generalmente FLV, aunque en ciertos casos ello no es estrictamente necesario).
Y luego tendrías que llamar dicho HTML a través de las herramientas normales de Moodle, o bien, de incluir cierto código (más o menos como el que pone a disposición YouTube), si el desarrollo respectivo puede trabajar de esa manera.
Por otra parte, una posibilidad que considero poco explorada pero muy útil es la siguiente:
Usar los navegadores Mozilla Firefox, Opera o Chrome para reproducir archivos de video Theora/OGG/Vorbis.
La historia es un poco larga, pero la idea era que en HTML 5 se incluyera un formato de audio y video universal que pudiera ser reproducido por los navegadores sin necesidad de un plugin de terceros (ej. el de Adobe Macromedia o el de Apple Quicktime).
Dicho formato sería reconocido por los navegadores usando un "tag" específico (<audio> y <video>).
Bueno, esto finalmente no se aceptó por intereses de ciertas compañías, pero los navegadores mencionados sí lo implementaron.
Más sobre esta historia, en la Wikipedia.
La cosa es que si tu refireres a un video desde una página HTML usando los "tags" correspondientes, los navegadores lo reproducirán automáticamente con un reproductor "interno" (llamémosle así).
Como ejemplo de uso, ver aquí.
Para convertir un archivo a Theora/OGG/Vorbis, puedes revisar esta referencia de un proyecto educativo uruguayo muy importante llamado Plan Ceibal.
Como nota final, OGG es una especie de caja en la que caben dos tipos de elementos: audio (Vorbis) y video (Theora).
Cuando incluyes dichos elementos y le envías la "caja" a alguien, un reproductor compatible abre la caja y entiende si debe mostrar audio o video.
Eso es más o menos lo que hacen los reproductores de los navegadores referidos más arriba.
Para el caso de Moodle, bastaría con que llamaras un HTML externo que usara el "tag" <video>, que a su vez incluiría una referencia al video en cuestión (no considero que la mejor solución sea colocar dicho "tag" en el editor HTML de Moodle, pero pudieras probar a ver si eso también te sirve, aunque romperías el estándar de la página).
En fin, ya me extendí mucho, espero que esta información sea de utilidad.
Saludos
PD para "techies": Es posible usar OGG/Vorbis/Theora en Internet Explorer, sólo que para eso debiera usarse un applet de Java llamado "Cortado".