Allora, ho risolto....
avevo intuito bene e ho modificato la variabile che risolve la root directory dell'host in questo modo:
$CFG->wwwroot = 'http://'.$_SERVER['SERVER_NAME'];
In questo modo viene usata come root directory quella del virtual host su cui gira moodle ossia la cartella stessa che contiene i dati di moodle....
in questo modo si risolvono i template e tutti i riferimenti al vecchio URL vengono aggiornati automaticamente nel db....
Saluti
Luca