¿Qué versión de PHP estás utilizando? Parece que hay por ahí un bug (que no parece ser de Moodle) que hace que algunos servidores PHP se líen con las sesiones. Si pudieras enviarme la página phpinfo de tu servidor para ver sus características, se la puedo pasar a la persona que está investigando ese tema por si le resulta de ayuda.
Y, aparte de esto, que está en proceso de investigación, hay que tener cuidado con no tener algún proxy o similar mal configurado y produciendo ese efecto no deseado de "mezcla" de sesiones.
Ciao