>> Не могу понять, как добавить произвольные блоки в центр страницы в шаблонах в Moodle 2.0.
Правкой исходного кода
>> В предыдущих версиях были блоки для редактирования информации над списком курсов. Сейчас их нет. Получается в центре может быть только список курсов и все?
На странице Администрирование - Главная страница - Настройки гл. стр. поставьте галку "Включить тему раздела" и сможете добавлять свое описание секции, ресурсы и элементы курса. Эта опция включена по умолчанию, просто секцию не видно пока не переключитесь в режим редактирования.
Кстати, то же самое было и в версиях 1.9.х