Ciao Pietro,
temo che i template non siano uguali. Naturalmente puoi creare un tema Joomla ed uno Moodle in modo che siano il più possibile simili. Nella documentazione di Moodle trovi molte indicazioni: http://docs.moodle.org/en/Theme , se usi Moodle 2.0 http://docs.moodle.org/en/Development:Themes_2.0
Per l'uso delle lingue: http://docs.moodle.org/en/Language_FAQ