Du kan sätta kursnycklar på de kurser du vill begränsa och bara ge nyckel till de som skall in i de. Det kan kanske förenklas med användning av metakurser om alla i ena gruppen skall komma åt alla kurser i den begränsade gruppen.
Det kanske går att göra något med groupings, men jag har inte satt mig in i det.
Jag vet inte hur du har "hostad". Det kan vara kanske enkelt att skapa ett par Moodle på samma server och har de olika grupper i olika Moodle.