Con Moodle 2.0 il supporto per IE6 ufficialmente viene meno: http://docs.moodle.org/en/Moodle_2.0_release_notes#System_requirements, qui trovi delle discusisoni in proposito: http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=163071 , http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=149534#p654054
Puoi comunque sviluppare un tema che sia compatibile con IE6, moodle.org usa Moodle 2.0 ed un tema creato ad hoc.