He conseguido arreglarlo de la siguiente forma:
Dentro de la página donde muestra el resultado del cuestionario de todos los alumnos he seleccionado el alumno que me ha dado el problema y tenía menos nota de la que tocaba.
He pulsado una opción que hay abajo que dice "Volver a calificar los intentos selccionados".
Después de esto el alumno ya tenía su nota justa.
En otros cuestionarios que ya tenía corregidos he hecho el mismo proceso en todos los alumnos y he comprobado como algunos alumnos tenían menos nota que la que tocaba y se ha recalculado de forma correcta.
Es un detalle importante a tener en cuenta (con las notas no se juega)